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1、存在形式不同。磷酸基團一般是指磷酸酰基，即磷酸脫去一個羥基的結(jié)構(gòu)，也可以是脫去兩個羥基的磷酸基團，比如ATP、核苷酸等；而磷酸就是指無機物磷酸，一般是以分子形式存在。
2、化學性質(zhì)不同。磷酸基團具有很強的配合能力，能與許多金屬離子生成可溶性的配合物。如Fe3+與PO43-可以生成無色的可溶性的配合物[Fe(PO4)2]3-和[Fe(HPO4)2]-；而磷酸屬于二元中強酸，可以與各種堿性物質(zhì)和金屬發(fā)生反應，也可以用于制備其它酸。
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